De belangrijkste uitzondering is als de patiënt toestemming heeft gegeven. De patient moet in het geval van toestemming goed nagedacht hebben over de toestemming. Ook moet de patiënt duidelijk hebben aangegeven voor welke informatie hij deze toestemming geeft. Tenslotte moet de toestemming vooraf zijn gegeven door de patiënt voordat de huisarts de informatie deelt.

De volgende uitzondering is als zorgverleners samenwerken. Gegevensuitwisseling is dan vaak noodzakelijk. De huisarts mag aan personen die direct betrokken zijn bij de zorg de informatie delen. Bij de praktijk is naast de huisarts ook bijvoorbeeld de praktijkondersteuner en de doktersassistente betrokken bij de zorg. De huisarts mag de informatie met de praktijkondersteuner en de doktersassistente delen als die betrokken is bij de zorg. Ook wanneer de huisarts een patiënt doorverwijst naar een medisch specialist, mag de huisarts deze informatie verstrekken. De wet bepaalt echter wel dat de huisarts alleen die informatie verstrekt die noodzakelijk is voor de andere zorgverlener om de patiënt te kunnen behandelen. Als er samengewerkt wordt met niet zorgverleners mag alleen na expliciete toestemming van de patiënt er medische informatie gegeven worden door de huisarts.

Het kan ook zo zijn dat de huisarts verplicht is het medisch beroepsgeheim te doorbreken als dit moet vanwege een wettelijk voorschrift. Een voorbeeld is de Wet publieke gezondheid. De huisarts moet een aantal besmettelijke ziekten direct melden bij de GGD. Ook een euthenasie moet gemeld worden door de huisarts vanwege de meldingsprocedure euthanasie.

De huisarts mag het medisch beroepsgeheim doorbreken bij een conflict van plichten. Zo’n conflict ontstaat als het bewaren van het medisch beroepsgeheim ernstig nadeel of gevaar oplevert voor u of iemand anders. Van een conflict van plichten is slechts in zeer uitzonderlijke gevallen sprake. Het moet gaan om een noodsituatie. Een voorbeeld hiervan kan het melden van kindermishandeling zijn.

De huisarts mag informatie verstrekken aan wettelijk vertegenwoordigers voor zover dit nodig is om hun toestemming te vragen voor een behandeling. Voorbeelden zijn de behandeling van een meerderjarige, wilsonbekwame patiënt of een kind onder de 16 jaar. De huisarts vraagt dan toestemming aan de wettelijk vertegenwoordiger(s) van de wilsonbekwame patiënt of van het kind. In het geval van een kind zijn dit meestal een of beide ouders. De huisarts verschaft de gegevens niet aan de wettelijke vertegenwoordiger(s) is dit in strijd is met goed hulpverlenerschap. Hiervan is sprake is het verstrekken van de informatie niet in het belang van het kind of de wilsonbekwame is.